新店镇东、北、西三面背山,中间盆地。地势由北向东南倾斜,从西到东分布有上丹阳、下丹阳、奶奶坪、小宋岭、流山尾、杨廷、泉头、涧田、葫芦山等山丘,最高的丹阳为399米,泉头、涧田、杨廷山分别为68米、86米、93米。境内地势平坦,四季分明,主要溪流有新店溪和盘石溪,分别源于小北岭和大北岭。两溪分别贯穿有关村庄后流在鼓楼汇合纳入晋安河,进入闽江。境内的过溪、八一、斗顶、杨廷、登云5座水库,在市中心区防涝中发挥着重大作用。

  新店镇北倚绵延430平方公里的“福州后花园”北峰,自然景观和人文景观十分丰富。史称福州主峰的莲花峰,海拔386.6米,民国33年(1944年),爱国将士在此抗击日军。占地约19平方公里的4A级福州国家森林公园就座落于镇西北郊、辖区内有6条溪流、5座水库,其间湖溪潭瀑秀美瑰丽,山石林草情趣卓然,森林资源丰富多姿,这里的山水相依,秀野并蓄的独特自然景观与悠久历史的结合,构成了引人注目的人文景观。全镇被列入市、区级文物保护单位有13处。其中,省级有闽越古城遗址(2200年前福州古城“冶城”遗址)、闽王王审知陵墓“宣陵”和中国近代古文学家翻译家林纾墓,市级有盘石山新石器时代遗址和福州五大禅林之一的崇福寺,区级有千年古刹升山寺、唐代古战场战坂境、宋代汤斜村光华境古戏台、民族英雄林则徐和宋状元郑性之等留下的摩崖石刻等众多的历史古迹,,加上长青植物培育园、龙山凤池阁、莲花山农业观光园等千亩农业观光园,已成为福州市民假日休闲旅游的好去处。